Одним из проблемных вопросов агропромышленного комплекса республики является преимущественно мелкотоварный характер производства, что подтверждается высокой долей малых форм хозяйствования в общем объеме валовой продукции сельского хозяйства. 

В свою очередь, мелкотоварность приводит к проблемам со сбытом продукции, снабжением материально-техническими ресурсами, доступом к финансированию, обеспечению ветеринарной безопасности, созданию стабильной сырьевой базы и другие. Все это отражается на качестве и конкурентоспособности производимой продукции. Об этом сообщает департамент по связям с общественностью МСХ РК. 

В целях решения данной проблемы, а также развития сельскохозяйственной кооперации еще в октябре 2015 года принят Закон РК «О сельскохозяйственных кооперативах», который должен был стать инструментом повышения эффективности сельхозбизнеса.

Принятый Закон направлен на увеличение значимости сельскохозяйственной кооперации для сельского населения и сельхозтоваропроизводителей с целью реализации возможностей и преимуществ кооперативных принципов в процессе укрупнения и объединения малых форм хозяйствования, эффективного использования земельных ресурсов, организации стабильного сбыта произведенной продукции, хранения, переработки и др. сервисных услуг.
По итогам 2017 года в республике зарегистрировано 1180 сельскохозяйственных кооперативов (СХК) по всем направлениям сельхоздеятельности. Но как показала практика на сегодняшний день лишь 528 СХК осуществляют заготовку сельхозпродукции. Оставшаяся часть кооперативов либо не осуществляют свою деятельность, либо признаны неперспективными. Так как был нарушен основной принцип кооперирования – объединение не профессиональных фермеров, а личных подсобных хозяйств (ЛПХ).

На поддержку сельхозкооперации в 2017 году выделено 25 млрд тенге. Из общего числа на приобретение оборудования прокредитовано лишь 329 СХК. Часть СХК получивших оборудование по кредитной линии не используют его в полном объёме, имеют место случаи, когда полученное оборудование ни разу не использовалось.

Для примера, в Акмолинской области создано 46 кооперативов (11 мясного, 35 молочного направления). За счет кредитных средств приобретено 23 модульных молокоприемных пункта, 1 убойный пункт, 10 молоковозов. Собственная переработка есть лишь в одном кооперативе, это 3% от общего числа созданных СХК. Также в регионе имеются случаи простоя приобретенного оборудования. Удельный вес убыточных кооперативов по области составляет 56,5 %.

Рост численности поголовья в области обеспечивается за счет средних и крупнотоварных предприятий. Общий рост переработки данных агропредприятий обеспечен за счет собственных мощностей и составляет 9,5 % за прошлый год.
Как показывает практика, подобная ситуация характерна для всех областей Республики Казахстан.

Основные проблемные вопросы, которые отрицательно влияют на развитие кооперации:
— значительное наличие количества «простаивающих» не осуществляющих деятельность СХК;
— вопросы налогообложения прибыли при взаимодействии с членами кооператива, отсутствие первого НДС;
— низкая оснащенность созданных СХК;
— отсутствие выхода созданными СХК на необходимые проектные мощности;
— присутствие проблем со сбытом произведенной продукции, отсутствие специфических знаний в области технологии и безопасности производимой продукции, а также отсутствие основных и оборотных средств;
— не конкурентоспособная закупочная цена перерабатывающих предприятий на сдаваемую продукцию (мяса, молока и плодовоовощей) по сравнению с рыночным ценам.

Для дальнейшего развития кооперативов планируется использование всех возможностей закона «О сельскохозяйственной кооперации». Таких как:
— Деятельность СХК по сервисному обслуживанию, например, создание машино-тракторных станций;
— Деятельность сельскохозяйственных кооперативов по снабжению средствами производства и материально-техническими ресурсами, например, обеспечение членов кооператива удобрениями по образцу советских РСХО (райсельхозхимия);
— Деятельность сельскохозяйственных кооперативов по сбыту сельскохозяйственной продукции, например, создание заготовительных центров для закупки и последующего сбыта продукции СХТП или излишков производства ЛПХ.
— Деятельность сельскохозяйственных кооперативов по переработке сельскохозяйственной продукции;
— Деятельность сельскохозяйственных кооперативов по производству сельскохозяйственной продукции. Например, создание кооперативов по принципу вертикальной кооперации, предусматривающую кооперацию мелких крестьянских хозяйств с крупным якорным производителем или переработчиком.

В свою очередь данные меры по созданию вертикальной кооперации, предусматривающую партнерство мелких крестьянских хозяйств с крупным якорным производителем или переработчиком даст эффекты, такие как соблюдение технологии всеми участниками отрасли, гарантированный сбыт продукции фермерам и племенным репродукторам, а также откормочным площадкам, увеличение рентабельности фермеров за счет использования более качественных и дорогостоящих племенных быков (за счет аренды), стимул к увеличению поголовья фермерами, увеличение загрузки откормочных площадок и мясокомбинатов, стимулирование к производству культурных кормов, производство товарных партий мяса стабильного качества и с гарантией ветеринарной безопасности, промышленного забоя, пригодных на экспорт.

Одной из мер господдержки ЛПХ может считаться субсидирование заготовительным организациям суммы уплаченного НДС, что решает проблему «первого НДС» и способствует развитию заготовительной деятельности. В результате, личные подсобные хозяйства могут выгодно реализовать излишки продукции, например, молоко.

Министерство сельского хозяйства продолжит реализацию государственной политики по поддержке и развитию агропромышленного комплекса, нацеленную на развитие рыночных отношений в секторе. В том числе, исключая систему массового финансового субсидирования, которая как показала практика не соответствует современным реалиям и в большинстве своем является неэффективным и даже тормозящим процесс развития методом.